Sasaran Program Pamsimas adalah kabupaten yang memiliki cakupan pelayanan air minum aman perdesaan yang belum mencapai 100%. Penetapan kabupaten sasaran dilakukan oleh Pemerintah Pusat berdasarkan minat Pemerintah Kabupaten, sedangkan pemilihan desa sasaran dilakukan oleh Pemerintah Kabupaten yang bersangkutan. Target desa sasaran Program Pamsimas adalah kurang lebih 27.000 desa (2008-2020). Mulai tahun 2016, Pamsimas akan melaksanakan pendampingan di 15.000 desa baru (yang belum pernah mendapatkan program Pamsimas sebelumnya), serta pendampingan keberlanjutan pada kurang lebih 27.000 desa peserta Pamsimas.

Secara umum, kriteria desa sasaran baru Pamsimas meliputi:

1) Belum pernah mendapatkan Program Pamsimas;

2) Cakupan akses air minum aman belum mencapai 100%; yaitu di bawah 68.87%;

3) Cakupan akses sanitasi layak belum mencapai 100%; yaitu di bawah 62.41%;

4) Prevalensi penyakit diare (atau penyakit yang ditularkan melalui air dan lingkungan) tergolong tinggi berdasarkan data Puskesmas;

5) Memenuhi biaya per penerima manfaat yang efisien3 ;

6) Adanya pernyataan kesanggupan pemerintah desa untuk menyediakan minimal 10% pembiayaan untuk rencana kerja masyarakat (RKM) yang bersumber dari APBDesa;

7) Adanya pernyataan kesanggupan masyarakat untuk:

a. Menyediakan Kader Pemberdayaan Masyarakat (KPM) yang akan fokus menangani bidang AMPL (selanjutnya disebut dengan Kader AMPL);

b. Menyediakan kontribusi sebesar minimal 20% dari kebutuhan biaya RKM, yang terdiri dari 4 % dalam bentuk uang tunai (in-cash) dan 16 % dalam bentuk natura (in-kind);

c. Menghilangkan kebiasaan buang air besar sembarangan (BABS).